农产品流通基础设施建设是发展现代农业的重要内容之一。长期以来，我国农产品流通基础设施落后，物流成本高，损耗大一直饱受诟病。这一问题的症结，正是一直以来政府对于公益性流通基础设施的投入严重不足。业内人士分析指出，对农产品流通行业公共基础设施投入的不足，是造成我国许多个体户经营了20多年仍然没有发展成专业化流通企业的根本原因。
借鉴国际经验，不论是在日本、韩国还是欧美发达国家，农产品流通基础设施都基本上是属于国家公共财政投资领域，全部或大部由政府出面投资建设。如法国政府每年用占农业补贴25%的财政拨款对改善农产品运输、储备、加工及销售的设施建设项目进行补贴，此项补贴，在一些设施较差的地区甚至可以达到30%~50%。韩国政府在1992~1997年间，实施了《改善农林渔业政策》，以政府无偿援助为主，投融资417亿美元(相当于当时的4000亿人民币)，其中用于兴建农产品流通和加工设施的资金占到13.2%；1999~2002年又启动了《农林渔业发展计划》，投融资377亿美元，其中相当一部分用于提高农产品批发市场功能等流通设施的建设。英国、荷兰等许多欧洲国家，把大型物流中心、配送中心等商贸物流设施，作为公共基础设施列入每年政府基建项目，主体部分由政府投资建设。美国政府从上世纪80年代起，已将广域共用性商业信息网络纳入国民经济基础设施建设计划，由政府投资建设。
反观之我国，在计划经济年代，农产品流通基础设施属于国有商业和供销合作社所有，其投资建设全部由政府承担。改革开放后的八十年代，由于生产和流通规模迅速扩大，政府加大了对商贸流通基础设施投入的力度。但是九十年代以后，随着国有商业和供销合作社全面“转制”，未转制的也实行了政企分开，政府对农产品流通基础设施的投入不断减少，原来具有公益职能的国合商业流通基础设施，也多数转为企业的盈利性商业设施。因此，自1992年以来，我国农产品流通基础设施投资主要是靠民间资本商业化投资，并未有效纳入公共财政投资领域，专门用于农产品流通基础设施投资的财政资金十分有限。如2011年中央和地方财政的支农资金达到2.5万亿元，业内人士质疑其中对农村农产品流通基础设施的投入不足10%。2012年中央和地方财政支农资金估计近3万亿元，业内人士认为把其中50%投资于农产品流通基础设施在当前的情况下是合理的。
同样的情况发生在城市基础设施建设的安排中，专门用于城市农产品流通基础设施投资的财政资金更加有限。
我国农产品流通基础设施建设上存在的过度商业化倾向，造成多数基础设施在税费、公用事业(1638.835,8.75,0.54%)收费和土地使用费上缺乏政策优惠，农产品流通基础设施远远滞后。如农村人均商业面积仅约为城市的1/10，现有农产品批发市场的道路、供水等基础设施陈旧，电子信息、冷藏等设备设施不完善，服务功能单一。2005年调查资料显示，有41.7%的农产品批发市场建有冷库，11.1%的配备了冷藏车，12.9%的有陈列冷柜。据调查，目前我国只有10%的肉类、20%的水产品、少量的牛奶和豆制品进入冷链系统，而欧美国家进入冷链系统的农产品比例为85%，我国物流费用占国内生鲜产品的总成本高达70%。
加强农产品流通基础设施建设，首要一点是统一认识，即农产品流通基础设施的建设是公益性的项目，要矫正农产品流通基础设施投资过度市场化的倾向。
一是加大政府对农产品批发市场等流通基础设施建设的扶持力度，设置专门的金融机构扶持农产品流通产业发展；二是加大财政投入力度，把农产品流通设施建设纳入农村基础设施建设和城市基础设施建设的安排，明确农产品流通设施占国家财政支农资金的具体比例；三是政府公共部门和私人部门合作完成基础设施的投资和建设，满足社会与经济发展对基础设施的要求的方式将市场机制引入到农产品流通产业基础设施的投融资领域，鼓励社会资金多渠道投资农产品流通设施建设；四是加强农产品流通产业规律研究，制定全国性的产业组织政策、产业结构政策、产业布局政策和产业技术政策，制定扶持规模经济、扶持中小企业、扶持产业中介组织、流通网点规划、反垄断、保护市场竞争、保护消费者权利等法律、法规，制定中介组织服务与规范制度；五是加大对流通主体的帮扶力度，如提供财政援助，对流通从业人员实施基本社会保障政策，培育和发展10家创新能力强、主业突出、拥有知名品牌、核心竞争力强、营业额超过500亿元人民币的大型流通企业集团等。
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