ISO 9660
ISO 9660标准内有3层透通性(Interchange)，只有第1层支援大多数的操作系统，第1层要求每个档案的资料必须是连续不中断的方式存放於CD 上，每个档案内容不可分开存放或与其他档案交错，档名必须符合英文 A 到 Z，数字 0 到 9 和底线"_"所组成的字集，而且格式必须依照DOS的规定，8 个字元的主档名与 3 个字元的副档名。第2层则是可以采用任何的字元作为档名，包括使用超过 8+3 个字的长档名，但是档案的内容亦不可中断，交错或是分开存放。在第3层则是不受任何的限制。在所有的三层规定中，ISO9660档案系统规定均不可使用超过8层的目录结构。
Joliet
这是Microsoft自订的文件系统，支持Win9x以上系统。在备份Win9x至光碟时可以使用。它是ISO 9660的文件系统的延伸，在Win9x之下可以显示长文件名，最多至64字符，连路径全长不得超过120个字符。
MS-DOS
早期的8 + 3格式，文件名 (最多)有八个字符。
Romeo
支援Win9x及WinNT、Win2000，可以显示长档名，最多至128字符。
Rock Ridge
是ISO -9660的延伸，支持文件名字母大小写、符号字符、长文件名以及超过8层的目录结构。由于兼容ISO-9660，所以，即使操作系统不支持Rock Ridge，也可以通过ISO-9660查看。Rock Ridge使CD-ROM能兼容UNIX的文件系统，因此，已被广泛使用在UNIX的CD-ROM光盘上。
HFS（Hierarchical File Structure ）
是MAC机所使用的光盘文件系统。它也是ISO-9660的延伸。
在ISO -9660标准内无法存放HFS的特有信息（如：图标，图标摆放在桌面的位置信息，数据文件与执行文件之间的关联信息等）。HFS与Rock Ridge类似，它允许以ISO-9660 Level 2的方式在CD-ROM上存放长文件名，以及存放数据文件与执行文件之间的关联信息。但存放在第二层的信息无法被MAC以外的电脑读取。
UDF（Universal Disc Format）
UDF是Universal Disc Format的缩写，与ISO 9660格式相容。它采用标准的封装写入技术（PW，Packet Writing）将CD-R/CD-RW当作硬盘使用，用户可以在光盘上修改和删除文件。
利用UDF格式进行刻录时，刻录软件向将数据打包，并在内存中临时建立一个特殊文件目录表，同时接管系统对光盘的访问。被删除的文件或文件中被修改的部分仍然存在CD-R中，修改后的部分则以单独的数据块写入光盘，在内存的目录表中，通过设定允许和不允许访问以及特殊链接等重定向寻址方法将数据重新组合，让系统找不到老数据，或让新数据替换老数据，从而达到删除与修改的目的。当用户结束操作后，便将新的目录表写回光盘，并记录下操作内容，以便光盘日后的读取和数据恢复。
使用UDF时，在Windows资源管理器中，使用拖放方式操作就能进行刻录，就向对硬盘的操作一样。
目前使用UDF的软件都支持对CD-RW盘片的刻录，但是，在一些细节上有所不同，如删除的文件真的是被删除，而不再是采用重定向的方法欺骗操作系统了。UDF的缺点是减少了有效存储空间，而且还要事先将CD-R/CD-RW盘片进行格式化，而CD-RW格式化后的容量要减少100MB左右。在低版本的Windows系统中，读取UDF格式的CD-RW光盘还需要软件支持。
CD-RFS（CD-Recordable File System）
是SONY公司自定义的一种与UDF类似的文件系统。
EI Torito（Boottable CD-ROM）
可启动的CD-ROM，是将硬盘或软盘上的启动区域的信息刻录到CD-ROM上，该CD-ROM可用于启动计算机。
Hybrid
这是一种混合光盘。光盘内有两个或两个以上的数据区，每个数据区各自含有完整的文件记录与信息，两个数据区可以采用不同操作系统的文件格式（目前为4种： DOS/Windows）、HFS、Unix和OS/2），常用的Hybrid光盘是DOS与MAC文件格式（DOS采用ISO-9660文件系统， MAC则采用HFS文件系统）。
Shared Hybrid：
共享式的Hybrid光盘片，也可以在两种或两种以上的操作系统上使用，不同的操作系统均可以读取CD-ROM上相同的数据，这种格式的光盘片只有一个数据区，所有相关的数据与各操作系统使用的文件都放在同一个数据区内，但是，在DOS上只会看到DOS文件，MAC上也只能看到MAC的文件。
